A játék főhőse egy Takaoka Poron nevű hacker és a történet Tokió Nakano körzetében játszódik 2037-ben. Shikura elmondása alapján a játékos „hurkokat” hozhat létre, hála a fiú „Mentés és Betöltés” nevű képességének. Ezzel a képességgel hackeli meg Istent, hogy képes legyen hurkokat létrehozni. A játék főhősnőjét Aizaki Momónak hívják.

A történet 2036. február 6-án 06:28:15-kor kezdődik, mikor Tokió egy fontos helyszíne megsemmisül. Ezt egy 2036-os probléma okozza, amikor a számítógépek megőrülnek.

Mivel egy nagyobb probléma várható 2038-ban, a Gaia névre hallgató szuperszámítógép létrehoz egy másik Földet egy szimulációs programmal. Ez a szimuláció azt a célt szolgálta, hogy megtudhassák, mi várhat rájuk, de emberek nem léteztek benne. Egy Arecibo üzenet után azonban megjelent az emberiség a szimulációban.

A kutatók építettek egy szuperszámítógépet és így már a szimulációban is volt egy másik Föld szimuláció (amolyan álomban az álom szituáció), a kutatók pedig a saját létezésüket is megkérdőjelezték.