Az 5pb./MAGES leírja a játék lényegét:

Egy rejtélyes ember, akit Fantomként ismernek, felébredt és azon mesterkedik, hogy szabadon eressze sötét erőit, melyet elzártak. Ezért ősi fegyvereket, az F.A.-kat (Fu-mantion Artifact) különleges képességű fiataloknak ad azzal a céllal, hogy harcoljanak egymással és a győztesnek teljesíti egy kívánságát. Azonban mikor ezeket a fegyvereket csatában használják, a tér-idő kontinuum gyengül. Ez egy rést hoz létre két párhuzamos világ között és Fantom visszaszerzi az erejét.

Waka, a Kumon család lánya, amely a világot hivatott védelmezni Fantomtól, és a barátja, Mikoto próbálják őt megállítani ebben. Azonban Fantom elmenekül és magával viszi Nagit, Waka kishúgát. Waka és Mikoto, kiegészülve Itsukival, aki az „Igazság Szövetségesének” nevezi magát és Yuzuhával, egy nindzsával, akit Fantomnak nem sikerült meggyőznie és együtt indulnak Nagi kiszabadítására és Fantom megállítására.