A befejező rész alapfelállása, hogy Kaito nem jött össze senkivel, viszont az, hogy Kaoruval harcolt, aki végül hazament, megtörtént. Lesz elég utalás, hogy az első két játékból milyen események történtek meg a múltban.

A játék augusztus 23-án délelőtt indul. Ekkor egy közvetítő helikoptert látunk repülni a Tiltott Zóna felett, mivel végre megindul a Tiltott Zónák felszámolása és az ott lakók kitelepítése. De a helikopter egyszer csak becsapódik egy közeli épületbe. Majd egy rózsaszín hajú lány testét látjuk a törmelékek alatt, aki a Renou Akadémia egyenruháját viseli...

Ezután visszaugrunk időben június elejére, amikor Kaito elhatározza, hogy Kaoru után megy, hogy visszarángassa, és elkezdi az előkészületeket. Majd miután elmegy, Reika mellé az apja egy új testőrt helyez, aki mindenben tökéletesnek látszik, de valahogy sötét légkör veszi körül.

Ebben a lezáró epizódban választ kapunk az összes eddig feltett fontos kérdésre:

• Mi lesz a Tiltott Zónák sorsa?
• Hátra tudja-e hagyni Kaito a múltját, vagy visszahúzza Őt a sötétség?
• Miért viselkedik olyan furcsán Akemi a főhősünkkel?
• Mi lett a sorsa Kaito anyjának?
• Mi történt Akira-val, miután elhagyta a Zónát?
• Ki lopta el Aya bugyiját az első részben?