Muv-Luv Extra: Takeru egy átlagos iskolás diák, akinek az élete teljesen a feje tetejére fordul, amikor egyik reggel felébredve maga mellett találja a világ egyik legbefolyásosabb konglomerátumának az örökösét. A lány Meiyának hívja magát, és bár Takeru nem emlékszik rá, hogy valaha is találkoztak volna; Meiya ragaszkodik hozzá, hogy egymásnak szentelte őket a sors. Ez a fejlemény pedig nem kis problémát okoz gyerekkori barátjának, Sumikának, aki mindig is romantikus érzelmeket táplált iránta, és most rájött, hogy ha nem cselekszik, akkor örökre elveszítheti Takerut.
Mégis ki lehet Meiya? És vajon Takeru érzései Sumika iránt mélyebbek lehetnek mint gondolta volna? Takerunak végül muszáj lesz választania gyermekkori jóbarátja, és a rejtélyes idegen lány között, aki szerint a sors egymásnak rendelte őket.
Ám ez csak egy oldala a történetnek.

Muv-Luv Unlimited: Épp ahogy Takeru mindennapjai jóra fordulnának, egyik reggel amikor felébred, egy másik világban találja magát. Egy alternatív idővonalon, ahol az emberiség a kihalás szélén áll. Egy világ, ami évtizedek óta háborúban áll egy rejtélyes földönkívüli létformával szemben. És bár a színpad egy kissé más, a szereplők a régiek - a háza még mindig ott van, igaz romokban. Az iskolája még mindig ott van, igaz jelenleg egy katonai akadémia. És annak ellenére, hogy nem ismerik fel, a barátai is ott vannak... egy kivétellel.
Csak egy álom lenne az egész? Vagy az a világ amit eddig valóságnak tartott lett volna az?