Egy nap Reimu Hakurei meglátogatja Rinnosuke Morichikát a boltjában, a Kourindoban, aki megmutatja neki az egyik legvigyázottabb kincsét, egy arany gömböt. Mikor Hakurei megérinti a gömböt, az egy titokzatos fénynyalábot bocsát ki magából. Rinnosuke furcsán kezd el viselkedni, és egy hatalmas torony áll ott, ahol a Kourindonak kéne állnia. Gensokyo lakossága pedig kicserélődött klónokra, akik minden embert megtámadnak. Mint Hakurei papnőnek, Reimunak kötelessége helyrehozni a balesetet, és visszaállítani Gensokyot a régi állapotába. Az útja során csatlakozik hozzá Futo Mononobe, aki egy küldetésen van, hogy ő legyen az első számú varázsló. Reimu vajon képes lesz utat törni magának a torony barlangjaiban, és véget tud-e vetni az incidensnek?