A játék története Kanata körül forog, aki egy fiatal fiú. Egy titokzatos tokiói robbanásos baleset során a föld beomlik, aminek következtében Kanata a föld alatt reked a menyasszonyával, Ranzéval, két barátjukkal és nyolc másik személlyel. Miközben élve eltemetve haldokolnak, Ranze - aki látszólag jó kapcsolatban van Kanatával - azt mondja, hogy "Nem akarok veled együtt meghalni". A következő dolog, amire Kanata emlékszik, hogy fölébred egy olyan helyen, amely se nem Tokió, se nem a Föld. Egy hatalmas torony döfi át a felhőket, a fák pedig mind kristályból vannak. Kanata egyedül találja magát abban a tudatban, hogy halott. Ahogy eltűnődik ezen a dolgon, felfedezi a világot és megismer egy fiatal nőt.