A Maitetsu egy alternatív Japánban játszódik, ahol az utazás és szállítás legnépszerűbb módja a vasút. A különbség a valóságos vasúthoz képest az, hogy a vonatok humanoid modulokkal vannak felszerelve, úgynevezett "Railord"-okkal. A játékos Sotetsu-t irányítja, aki éppen leérettségizett és nemrég ment egyetemre. Úgy dönt, visszatér a faluba, ahol örökbe fogadták, és megmenti azt vízszennyezéstől, amit a gyárak elburjánzása okoz. Sotetsu újjáéleszt egy nemrég leszerelt Railordot, Hachiroku-t. Ő lesz a védelmezője, miközben Sotetsu keresi az elveszett szerelvényt, a "8620"-at, amivel próbálják megmenteni a falut.